Wenn sich alle Firmen an die Gesetze halten dann ist ein "Certificado de Empadronamiento" (Vom Rathaus) noch nicht notwendig. Gefordert werden darf bis jetzt im Falle von EU-Bürgern nur das "Certificado de Residente Comunitario" (Vom Innenministerium) und der Pass oder Personalausweis des Heimatlandes.
Nur wenn auf dem "Certificado de Residente Comunitario" nicht deine spanische Adresse draufsteht (Was eigentlich nicht der Fall sein kann), dann müsstest du ein "Certificado de Empadronamiento" deines Rathauses vorlegen.

In deinem Fall da du dir das Zertifikat vom Rathaus bereits geholt hast würde ich an deiner Stelle alles mit zum Ryanair Schalter mitnehmen, das kann nicht schaden, aber zuerst nur den grünen Zettel und Pass vorzeigen. Wenn das nicht reichen sollte kannst du immer noch das vom Rathaus vorlegen. Nicht gleich vorlegen, da es sonst passieren könnte, dass unwissende am Schalter dieses Empadronamiento einkassieren und behalten (So war es vor vielen Jahren Praxis). Wenn die neue gesetzliche Regelung dann in Kraft tritt, dürfen sie s nicht einbehalten sondern du musst es nur vorlegen. Also könntest du das Zertifikat vom Rathaus in den nächsten 6 Monaten noch öfters nutzen.